学科是大学教学和学术研究的基本构建单元和基层机构，是培养高水平研究人才、创造高水平成果的重要保证。学校学科门类较为齐全，涵盖经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、管理学、艺术学等9个学科门类。植物学与动物学、工程学、农业科学3个学科进入ESI全球前1%。现有一级学科博士学位授权点4个、一级学科硕士学位授权点15个、硕士专业学位授权点（类别）18个。拥有福建省一级重点学科8个（其中特色重点学科2个）、水产学科博士后科研流动站1个。船舶与海洋工程、水产学科入选福建省“双一流”建设高校主干学科，船舶与海洋工程学科群、水产与食品工程学科群入选福建省高峰学科，航运与港口物流学科群、区域经济与管理学科群、闽台体育文化学科群、数理学科群入选福建省高原学科。

学校现有本科专业75个，其中国家级特色专业4个、国家级一流本科专业建设点25个、国家级“卓越”人才培养计划专业6个、国家级专业综合改革试点项目3个、教育部工程教育认证专业4个、省级一流专业建设点24个、省级特色专业建设点和省级专业综合改革试点各11个、省服务产业特色专业8个、省创新创业教育改革试点专业6个。拥有国家级教学团队1个、国家级实验教学示范中心2个、国家级虚拟仿真实验教学中心1个、国家级大学生校外实践教育基地1个、省级教学团队12个、省级实验教学示范中心16个、省级虚拟仿真实验教学中心4个。作为培养我国高级航海人才的重要基地，学校拥有目前世界上最大的教学实习船——“育德”轮，总载重达6.4万吨。

学科建设取得的优异成绩无不与社会各界给予学校的大力支持密切相关。为更好地规划和促进我校的学科建设，学校设立学科建设基金。热诚期待社会各界有识之士捐助竞技宝APP登录特定专业的学科建设。该基金主要用于资助我校发展急需和有前景的科研创新平台、科研团队建设、人才培养等学科建设。